Organizacijska struktura
Sklad NEK vodi
direktor, ki ga na podlagi javnega razpisa, na predlog upravnega odbora, za mandat štirih let imenuje Vlada Republike Slovenije. Direktor nadzira
poslovanje Sklada NEK, delovanje strokovnih služb, ki jih sestavljajo glavna pisarna, finančno-računovodska služba in oddelek za upravljanje premoženja ter vodi, usklajuje in organizira poslovanje institucije, skrbi za uresničevanje dejavnosti Sklada NEK ter ga zastopa.
Direktorica Sklada je
mag. Darija Štraus Trunk.
Organizacijsko strukturo Sklada NEK sestavljajo še
upravni in
nadzorni odbor ter
strokovne službe.