Sklad NEK vodi direktor, ki ga na podlagi javnega razpisa na predlog upravnega odbora za mandat štirih let imenuje Vlada Republike Slovenije. Direktor nadzira poslovanje Sklada NEK, delovanje strokovnih služb, ki jih sestavljajo svetovalci za ekonomsko finančna vprašanja in računovodska služba, vodi, usklajuje in organizira poslovanje institucije, skrbi za uresničevanje dejavnosti Sklada NEK ter ga zastopa.
