Ob izgradnji in začetku obratovanja jedrske elektrarne v Krškem je vprašanje njene razgradnje ter končnega odlaganja radioaktivnih odpadkov ostalo neodgovorjeno. Ker je šlo za kompleksno vprašanje, povezano predvsem z zagotavljanjem sredstev za njegovo izpolnitev, je ostalo nerešeno več kot dve desetletji. Odgovor nanj smo dokončno oblikovali v samostojni Sloveniji, z vsem zavedanjem odgovornosti, položene na naša ramena.
Sklad za financiranje razgradnje NEK in za odlaganje radioaktivnih odpadkov iz NEK je bil ustanovljen v duhu te odgovornosti. Njegovo osrednje poslanstvo je bilo tedaj in ostaja tudi danes zagotoviti učinkovito in trajno rešitev tako razgradnje NEK kot tudi v njej proizvedenih radioaktivnih odpadkov in izrabljenega jedrskega goriva.
Sklad za financiranje razgradnje NEK in za odlaganje radioaktivnih odpadkov iz NEK (Sklad NEK) je bil ustanovljen decembra 1994 na podlagi zakona. Tako se je začelo sistemsko reševanje načina financiranja razgradnje NEK in trajnega odlaganja radioaktivnih odpadkov ter izrabljenega jedrskega goriva.
Na podlagi sprejetih zakonskih okvirov je Sklad NEK začel delovati leta 1995, mesečna vplačila pa je zagotavljala jedrska elektrarna v Krškem. Na podlagi zakonskega določila se v Sklad NEK vplačuje delež od razlike med proizvodno in prodajno ceno vsake kilovatne ure električne energije, proizvedene v NEK in prodane v Sloveniji. Ta sredstva Sklad NEK z modrim nalaganjem plemeniti in tako postopno zagotavlja zbiranje sredstev, potrebnih za izpolnitev vseh zastavljenih ciljev. Z letom 2004 je zavezanec za vplačilo sredstev v Sklad NEK postalo podjetje ELES GEN, ki se je kasneje preimenovalo v podjetje GEN energija. Gre za energetsko podjetje, ki je pravni naslednik slovenskih vlagateljev v NEK.
Pomembna je tudi sklenitev Pogodbe med Vlado Republike Slovenije in Vlado Republike Hrvaške o ureditvi statusnih in drugih pravnih razmerij, povezanih z vlaganjem v NEK, z njenim izkoriščanjem in razgradnjo, ki med drugim določa, da sta državi dolžni zagotoviti vsaka polovico potrebnih sredstev - vsaka z vplačevanjem v svoj posebni sklad. Hrvaška je svoj namenski sklad ustanovila konec leta 2007 in tako tudi začela zbirati sredstva v svojem namenskem skladu.
24. junija 2008 je bila uveljavljena sprememba Zakona o skladu. Če je Sklad NEK do spremembe sredstva, ki so se vanj stekala, plemenitil in večal, se je z začetkom postopkov za gradnjo odlagališča nizko in srednje radioaktivnih odpadkov pričelo obdobje večjega investiranja zbranih sredstev. Sprememba zakonodaje je predpisala dolžnosti in pravice Sklada NEK pri nadzoru nad porabo zbranih sredstev (plačila ARAO).
Zakon o Javnem skladu Republike Slovenije za financiranje razgradnje Nuklearne elektrarne Krško in odlaganja radioaktivnih odpadkov iz Nuklearne elektrarne Krško, ki ureja delovanje in poslovanje Javnega sklada Republike Slovenije za financiranje razgradnje NEK in odlaganja radioaktivnih odpadkov in izrabljenega goriva iz NEK je bil objavljen v Uradnem listu RS, št. 130/2022, 11. oktobra 2022 in je stopil v veljavo 26. oktobra 2022 (z izjemo 8. člena, ki se prične uporabljati 1. januarja 2023).
Z dnem uveljavitve ZSFR-1 je prenehal veljati Zakon o skladu za financiranje razgradnje NEK in odlaganja radioaktivnih odpadkov iz NEK. Sklad NEK nadaljuje delo kot javni sklad na podlagi sprejema akta o ustanovitvi.
Vlada imenovala direktorja Sklada NEK.
