Kot prihodki Sklada NEK štejejo vplačila podjetja GEN energija, torej vplačila deleža od v Sloveniji prodane električne energije, proizvedene v NEK. Prispevek znaša 3 evre za megavatno uro oziroma 0,3 evrocenta za kilovatno uro električne energije, proizvedene v NEK in dobavljene Gen energiji d.o.o.
Med odhodke Sklada NEK sodi plačilo nadomestila občinam
Brežice,
Krško in
Kozje. Vlada Republike Slovenije je leta 2003 sprejela
Uredbo o merilih za določitev višine nadomestila zaradi omejene rabe prostora na območju jedrskega objekta (ter leta 2008
Uredbo o spremembah le-te), ki določa, da je Sklad NEK od 1. januarja 2004 zavezanec za plačilo nadomestila za omejeno rabo prostora za skladiščenje nizko in srednje radioaktivnih odpadkov na območju NEK. Dne 31.12.2009 je bila objavljena Uredba o državnem prostorskem načrtu za odlagališče nizko in srednje radioaktivnih odpadkov na lokaciji Vrbina v občini Krško. Na podlagi te uredbe je Sklad NEK od 1.1.2010 zavezanec za plačilo nadomestila za omejeno rabo prostora za odlagališče nizko in srednje radioaktivnih odpadkov iz NEK in naj bi v letu 2010 znašalo cca. 2,6 mio EUR. To nadomestilo predstavlja največji odhodek Sklada NEK.
Odhodek Sklada NEK je tudi (so)financiranje dejavnosti Agencije za radioaktivne odpadke (ARAO). To poteka od leta 1998, za Sklad NEK pomeni investicijsko vlaganje, in zajema v prvi vrsti projekte ter študije s področja ravnanja z radioaktivnimi odpadki in izrabljenim jedrskim gorivom v NEK. Leta 2009 je Sklad NEK za financiranje projektov in študij ARAO namenil 2,4 milijona evrov.
Izvedba: 
