Sklad NEK vodi
direktor, ki ga na podlagi javnega razpisa na predlog upravnega odbora za mandat štirih let imenuje Vlada Republike Slovenije. Direktor nadzira
poslovanje Sklada NEK, delovanje strokovnih služb, ki jih sestavljajo svetovalci za ekonomsko finančna vprašanja in računovodska služba, vodi, usklajuje in organizira poslovanje institucije, skrbi za uresničevanje dejavnosti Sklada NEK ter ga zastopa.
Direktor Sklada NEK je
Janko Strašek.
Organizacijsko strukturo Sklada NEK sestavljajo še
upravni in
nadzorni odbor ter
strokovne službe.
Izvedba: 
