Po svojem delokrogu Sklad NEK deluje na področju več državnih struktur, povezanih z vprašanjem jedrske energije, vendar z njimi ni neposredno povezan. To mu daje poseben položaj, ki mu omogoča ohranjevanje neodvisnosti. Sklad NEK je ustanovil
Državni zbor RS, na njegovo delovanje neposredno vpliva tudi
Vlada RS, ki mora dati soglasje k
statutu,
naložbeni politiki, finančnemu načrtu, zaključnemu računu in
poročilu o poslovanju Sklada NEK.
Na upodobitvi institucionalne strukture je s sivo barvo označena pot sredstev od proizvodnje električne energije (NEK) prek podjetja GEN energija do Sklada NEK kot prejemnika deleža, ter nato k ARAO kot prejemniku dela sredstev. Ostale institucije pa predstavljajo institucionalni okvir delokroga Sklada NEK.
Izvedba: 
